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Te cuento lo que está sucediéndote... Dentro del iPod, las canciones se guardan de una manera especial (gracias a iTunes) Esto es, con nombres raros, en carpetas raras que están dentro de una carpeta oculta del iPod. Esto es para que puedas escuchar esas canciones usando el iPod como reproductor.
Lo que pasa es que la radio se conecta al iPod, lo ve como un disco extraible, busca allí las canciones (los archivos) y los encuentra, pero los muestra con sus nombres de archivo. Lo que te dice de "root" imagino que se refiere a la carpeta raiz del iPod (la carpeta principal, la que aparece cuando entras a través de Mi PC en donde están el resto de las carpetas)
Qué puedes hacer? Accediendo desde Mi PC al iPod, crearte una carpeta llamada "Musica" (por ejemplo) y allí copiarle los archivos MP3 de las canciones que quieres oir en el auto (con un nombre que puedas reconocer, claro está) Al hacer esto, verás que en la radio te aparecerán esas canciones (probablemente mezcladas con las de nombre raro por lo que cuentas, pero en teoria si vas a donde dice root, luego debería de aparecerte la lista de carpetas que tienes en el disco del iPod, accedes a la que se llama "Musica" y ahí si estarían solamente las canciones que deseas)
Claro está, estas canciones que agregues de esta manera no las podrás escuchar utilizando el iPod como reproductor... Si, estás pensando bien, entonces tendrías que tener las canciones duplicadas para poder escucharlas todas en el auto y a su vez a través del iPod...