Lo qué? A ver, tienes un CD de audio que quieres pasar al iPod, es eso? La verdad no entiendo... Qué quisiste hacer para que saliera ese mensaje?
Te explico mejor a ver si puedo sacarte las dudas. A la biblioteca del iTunes ponele las canciones como siempre lo viniste haciendo hasta ahora. La diferencia al ponerlo en modo manual es a la hora de pasar las canciones al iPod en si. Ahí es cuando debes arrastrar las canciones al iPod desde la biblioteca del iTunes.
Ahora bien, cómo poner las canciones en la biblioteca del iTunes? Si ya tienes las canciones en MP3, arrastra los archivos desde el Explorador de Windows a ventana del iTunes. Si tienes un CD de audio, o bien puedes utilizar un programa para convertirlo a formato MP3 (CDex es el que recomiendo) o sino también puedes utilizar el iTunes (que supongo es lo que intentaste hacer y te dio ese mensaje) Si bien nunca lo he hecho, seguramente convierta el CD en archivos MP3 (o ACC depende de cómo lo configures en las opciones) y los guarde en tu computadora en la carpeta del iTunes (creo que por defecto es Mis documentos\iTunes\iTunes Music) y por supuesto los meta directamente en la biblioteca del mismo.