Bueno, despues de mucho investigar, porfin he encontrado la solucion a los archivos duales, se trata de usar un programa, el VirtualDubMod, y con el pasar el avi dual, al avi de una sola pista, la que nostros seleccionemos. Luego se debe pasar el archivo avi a mp4 con el xilisoft o derivados, como lo hemos hecho siempre. Las instrucciones mas especificas y la descarga de dicho programa la teneis pinchando en el link:
http://www.mundodivx.com/mpeg/previampg.php
A falta de una solucion mejor y mas rapida....
Saludos!!