No conozco ningún programa tipo Xilisoft, Videora, Imtoo que te permita elegir la pista de audio dentro de un archivo avi. De manera que el único modo que yo conozco es modificar primero el orden de las pistas del archivo original con VirtualdubMod y luego convertirlo a mp4 con tu software preferido.
Este proceso no lleva más de 5 minutos porque no se toca para nada ni el video ni el audio. Te explico un poco:
Baja el programa de aquí.
Descomprime el zip en una carpeta y haz doble click sobre VirtualDubMod.exe. Iniciado el programa, abre el avi que quieres modificar en la pestaña File>Open video file...
Si te salta un mensaje con este título "VBR audio stream detected" pulsa en No.
Ve a la pestaña Video y pulsa sobre Direct Stream Copy para que el programa no modifique el video y lo guarde tal cual.
Ve a Streams>Stream list y en la ventana que sale te aparecerán dos cadenas de audio. Si cuando reproduces el archivo normalmente se oye en inglés es que de las dos pistas la primera es la banda en inglés y la segunda en español.
Haz un clic sobre la primera banda que quedará sombreada y pulsa el botón de la derecha que pone Move down para cambiar el orden de la pistas y que la primera pase a ser la segunda.
Pincha en Ok para cerrar esa ventana.
Ve a File>Save As... y elige el nombre del nuevo archivo así como dónde lo guardarás. Asegúrate que no hay ninguna casilla marcada y pulsa Guardar.
Espera un poco y ya tendrás tu archivo avi preparado para la conversión a mp4.
Saludos.