Momento, momento... Qué es lo que querés hacer? Borrar las canciones de la PC sin que se borren del iPod? Si es así, con poner el iPod en modo manual es suficiente. Luego puedes borrarlas de tu PC sin problemas. Ahora, qué pasa con las canciones que borraste de tu PC y quedaron solamente en el iPod?
Si quieres puedes pasar las canciones como lo hiciste, arrastrando la carpeta desde el Explorador de Windows al disco del iPod y esas canciones están en el iPod! Pero no las podrás escuchar desde el mismo iPod, para hacerlo deberás utilizar el Winamp, Media Player o el programa que quieras, indicándole que busque las canciones en esa carpeta dentro del iPod.
Otro tema es la confiabilidad que tenga el iPod como para usarlo para hacer una copia de respaldo. A eso es a lo que se refería simonlebon. El mejor método a mi modo de ver, sería iPod en modo manual, las canciones como para escuchar en el iPod (es decir, NO arrastrando directamente la carpeta) y en DVDs o CDs grabados por ti una copia de todas las canciones para tener por cualquier cosa que llegara a pasar (restaurar el iPod, perderlo, etc)