A ver, al preguntarte si en la computadora estaban sincronizados me referia a si abres el video original con el reproductor de videos que utilices normalmente (Windows Media Player, Media Player Classic, BSPlayer, etc) Si ya el original está mal sincronizado al transformarlo a formato iPod no se va a sincronizar. En cuanto al Videora, eso que te sucede es porque lo tienes en castellano, es un problema con la traducción, cuando aparece ese mensaje de la segunda pasada cancelalo y fijate que el video ya está convertido. Para solucionarlo puedes dejar el programa directamente en inglés.