320x240 es un formato 4:3, por eso las ves "alargadas".
Te recomiendo que mires a ver que relación de aspecto tiene el vídeo del que partes, y que elijas una resolución lo más parecida posible, y que además los números de dicha resolución sean múltiplo de 16. (El ancho siempre elejirás 320, pq es el ancho del ipod, así que preoupate solo de que el alto sea el adecuado para que la relación de aspecto sea lo más parecida posible al original, y que además sea un número múltiplo de 16).
Si buscas un poco por el foro este tema se ha comentado bastante, y verás posts en los que esto que te comento está explicado con detalle.
Echa un ojo, por ejemplo, aquí:
http://www.foroipod.com/forum/viewtopic.php?t=3312
Un saludo
iPod Video 30GB White + I.S. + iSkin eVo3 Arctic
iPod Shuffle 1 GB
Sennheiser CX300