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Los videos deben estar en un formato que el iPod pueda reproducir, si no es así siempre debes convertirlo. Podrás no utilizar iTunes para convertirlos, podrás no utilizar iTunes para pasar el video, pero siempre necesitarás un programa que lo haga. Esto es, claro está, si quieres poder verlos directamente en el iPod.
Para convertir los videos, fijate en mi firma que tienes un link a una lista de programas que puedes utilizar. Para pasar los videos, intenta con el programa Floola por ejemplo, que ni siquiera es necesario que lo instales y lo puedes ejecutar directamente desde el iPod como disco.
Puedes pasarle videos al iPod directamente como disco sin siquiera convertirlos? Si, puedes pero para reproducirlos necesitarás conectarlo a una PC