Uy que raro es eso. A ver que me entere de todo.
El disco duro, que tipo es?? de los pequeñitos?? si es así que lleva, un adaptador de corriente y un usb, o 2 usb??
El disco duro funciona en los 2 usb??
Y resulta que es el ipod el que no funciona en uno de ellos. Has mirado en el administrador de dispositivos (pulsa botón inicio + botón pausa, pestaña hardware, administrador de dispositivos) si aparece algún error cuando conectas el ipod en el usb "malo"??
Y el ipod, has probado a conectarlo solo, sin el disco duro al lado??
Las 2 salidas de usb que comentas están en la parte trasera, cierto?? es posible que tus usb sean 1.1 en lugar de 2.0??
Lo de puertos potenciados o no no lo había oído nunca, los usb dan un máximo de 500mA, tanto en usb 1.1 como 2.0, todos los pc creo que cumplen el cometido.
Lo que podría pasar esque tu pc no pueda dar tanta intensidad por el usb como para alimentar las 2 cosas. Esto es seguramente lo más probable.
En ese caso, podrías comprar un "ladrón" de usb, que suelen llevar su propia alimentación, así llegaría suficiente potencia para todo.
Un Saludo!!