Mp4 Vs Mov

Hola hace un mes escribi ,sobre un problema que tenia al cargar algunos videos mp4 a la biblioteca itunes ,me apagaba por completo el ordenador ,luego me di cuenta que tambien me ocurria al abrirlos con el Quick time ,por lo que imagino que sera cosa de este ultimo ,los programas que utilizo para la conversion son el videodora y el xilisoft ,extrayendo los videos de un mismo dvd unos les ocurre y otros no , los nombres apenas tienen seis letras ,bueno con los mismos videos ripeados a formato mov los carga la biblioteca itunes y se sincronizan al ipod perfectamente, entonces la pregunta es que diferencia hay entre mp4 y mov porque veo que el tamaño es identico.Gracias

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