IPOD LLENO DE MÚSICA QUE NO EXISTE EN ITUNES

Hola, tengo una ipod nano y observaba que al actualizarla, "se me quedaba pequeña" a pesar de que veía que aún tenía sitio libre...al revisar mi ipod a través del EXPLORADOR DE ARCHIVOS de windows, he visto que había un montón de música de windows media dentro de la carpeta "música" -aunque a través de itunes no se vé-. He tenido que borrar UNA A UNA esas otras carpetas con el explorador para "vaciar" mi ipod. Por qué me ha pasado esto?, como ha entrado esa música ahí?. Que hacer para evitarlo?. Gracias.

pues si es de windows media normal que no lo vieran i el itunes ni el iPod tenias activada la opcion del disco duro?