si tienes una tarjeta gràfica nvidia usa el soft badaboom.
si tienes una ati (o tambien nvidia) usa el soft Xilisoft Vídeo Convertidor Ultimate 6
ambos usan los streams de la tarjeta gráfica para hacer la conversión del video con lo cual el proceso de conversión es rapidísmo. Por poner un ejemplo, con una nvidia 9800gtx+ yo convierto un dvd de dos horas en 7minutos al formato h.264 (que es el que usa itunes).
saludos