Si los tienes bajados por otros medios los verás como canciones normales, para sincronizar los Podcast solo tienes que activar la casilla del iTunes "sincronizar todos los podcast"
EDITO: prueba a poner "Genero: Podcast" en los podcast que bajaste por otros medios (click con el botón derecho-->obtener información-->Género), a ver si así te los ordena bien.