biblioteca ipod difiere con itunes

tengo un ipod nano 5 generacion que transfieo mi musica a traves de Itunes, con más o menos problemas, pero me voy saliendo. Ultimamente he pasado unos archivos mp3 de mi pc a Itunes sin problema, pero a la hora de sincronizar con el Ipod, en éste se me convierten en varias carpetas. Y no consigo sincronizarlo con Itunes, en cambio poseo un Iphone 4s en el cual lo he sincronizado sin problema alguno ¿¿¿¿????? Cual puede ser el problema ????? Da la sensación que el problema sea del Ipod, pero por lo demás funciona OK