Casi seguro que lo que te sucedió es por desconectarlo incorrectamente... El cargador no creo que tenga nada que ver (tengo uno alternativo que funciona de maravillas ) Cuando te sale ese mensaje de que no puede desconectarlo porque una aplicación lo está utilizando, cierra todas las ventanas que tengas abiertas, ten en cuenta también que puede ser que tengas algún antivirus trabajando sobre el iPod y espera un par de minutos. A veces más vale maña que fuerza