Los puedes tener en el ipod y no tenerlos en la pc pero sincronizando el ipod de forma "manual", porque pasa lo mismo que con las fotos o con la música, si el ipod se está sincronizando de forma automática y borras algo de la carpeta donde tienes las fotos o la música automáticamente al conectar el ipod la próxima vez a la pc al hacer la sincronización automática y no detectar el archivo en la pc lo borra automáticamente (Esto es lo que le ha pasado a mucha gente al conectar su ipod a otra pc y con otra biblioteca, se les borra todo, por eso el tan preguntado si se puede conectar el ipod en 2 pcs diferentes, la respuesta es sí, pero sincronizando en forma manual para que no borre nada o agregue de una biblioteca a otra, o también el caso de usar dos ipods con el mismo itunes).
No es problema usar el ipod de forma manual, siempre lo he usado así y en lo personal lo prefiero, poco a poco voy metiendo las cosas, es igual de rápido y no tienes problemas de sincronización, no es mayor problema. Saludos.