Os contesto yo rapidamente.
El llamar Pepe a aquellos cuyo nombre de pila es José, parece tener sus raíces en las primeras etapas del cristianismo, a principios de nuestra era. En aquella época, en la que los cristianos eran perseguidos con ferocidad, ellos mismos crearon una simbología, tanto oral como escrita, para eludir - en clave a sus objetos de culto y figuras veneradas. Así, por ejemplo, Jesucristo estaba representado por un pez, y una cruz significaba identificarse con miembros de la secta cristiana.
Tomando como referencia el dogma de fe del cristianismo sobre la concepción inmaculada de la virgen María, madre de Jesús, las referencias a San José se efectuaban con el calificativo de Pater Putativo (del latín, padre aparente). Esta definición se vio simplificada, por motivos de clandestinidad, a las iniciales de las dos palabras -PP-, tal como aparece en las paredes de algunas catacumbas. Su lectura conforma la palabra Pepe, que se ha transmitido hasta nuestros días como el apodo de José.
Respecto a lo de Paco a los Franciscos, hay varias versiones. Hay quién dice que viene desde San Francisco de Asís a quién le llamaban Pa ter Co munitas. Otra versión es que Francisco se escribía Phrancisco y se abreviaba Phco y para poderlo pronunciar Paco. Pero lo más probable es que sea un hipocorístico (palabra con origen en la forma de hablar de los niños), pues si a un infante le pedimos que diga Francisco, lo más probable es que pronuncie Paquico o Paco ya que ni la F ni la R están entre las primeras consonantes que usa un niño.
La próxima vez mas dificil Dopi