Lo solucioné!! Yuuujuuuuuuuuuuuuu!
No ha sido por la conversión del video porque seguía igual.
Me he bajado un pack de codecs.
No puedo poner el enlace ni escribir la url, así que si alguien lo necesita que me lo diga por privado.
El enlace me ha salido en una opción del programa, cuando en otro video me daba error.
Lo he instalado, el pack, y directamente luego al agregar los .avi problemáticos les puedo pegar subtítulos tranquilamente.
Supongo que no dará ningún problema el pack este de los codecs, si no todo lo contrario, si es que ayudan a que vaya mejor..