En el iPod no causa ninguna falla de nada, ten en cuenta que en realidad lo único que hace es leer la información del mismo y copiar los archivos a la PC. Distinto sería si, además de permitir pasarlos a la PC, pudiera pasar de la PC al iPod. En ese caso si podría, potencialmente, causar algún problema (pues estaria actualizando los datos en el iPod)
La única "desventaja" es que la información en los id tags debe estar completa (en sus campos básicos al menos) pero de todos modos si esos campos no los tienes ya completos, en el iPod no podrías acceder a las canciones tampoco.