Puedes o bien poner los iPods en modo de actualización manual (de esa manera el iTunes sirve de nexo entre la PC y el iPod, arrastras las canciones que tú quieras desde el iTunes al iPod) o sino puedes crear 2 bibliotecas distintas, una para cada iPod (presionando la tecla Shift cuando haces doble clic en el ícono del iTunes del escritorio)