Aaalto!! No lo formatees si no es necesario!
Ahora edito, después de haber llamado la atención por si lo leias que la explicación puede ser para largo.
Antes de formatear nada, asegúrate de eliminar el virus de tu computadora. Te cuento, ese virus no sé bien cómo se llama pero ya lo he visto en otros lados infectando las distintas unidades que se conectan a la PC, incluso celulares!
Funciona de la siguiente manera... Windows cuando entra a leer por primera vez una unidad, lo primero que hace es revisar si tiene un archivo llamado autorun.inf Este archivo, que puede estar oculto, se utiliza normalmente para hacer que la unidad tenga un ícono en particular y/o para ejecutar un programa cada vez que se accede a la misma (típico de los CDs que cuando lo colocas en la lectora comienzan a instalarse)
El virus lo que hace es copiarse a si mismo con un nombre "común" que no llame demasiado la atención como copy.exe y crea un autorun.inf en cada unidad conectada (discos rígidos) y/o se conecten (pendrives, iPods, celulares...) a la PC que hace que se ejecute este copy.exe y se reproduzca en todas las unidades de esa PC (aunque desconozco qué es lo que hace además de esto)
Al eliminar el virus suele pasar que los autorun.inf siguen apuntando a ese archivo que, por lógica, ya no está. En conclusión, cada vez que quieres entrar desde Mi PC o el Explorador de Windows a estas unidades sale el cartelito de que no se encuentra copy.exe
Cómo se soluciona? Pues bien, si el virus ya lo eliminaste de tu sistema lo que debes hacer es borrar ese autorun.inf que se encuentra en la carpeta raiz del iPod. Cómo haces si no puedes entrar a ver los archivos? Bien puedes crearte un archivo autorun.inf vacio con el Bloc de Notas y copiarlo al iPod sobreescribiendo el infectado. O sino puedes copiar un ejecutable cualquiera (notepad.exe por ejemplo que es el Bloc de Notas) y renombrarlo como copy.exe y copiarlo de este modo al iPod. De este modo, cuando trates de entrar al iPod se ejecutará ese copy.exe que en realidad es notepad.exe por lo que se abrirá el Bloc de Notas Y luego si, ubica el autorun.inf y elimínalo.
Como decía antes, el autorun.inf puede estar oculto. Para verlo debes al Explorador de Windows, menú Herramientas, Opciones de carpetas, apartado Ver, la opción "Mostrar todos los archivos y carpetas ocultos" debe estar marcada.