Simplemente:
Si una fuente de alimentación está tocada o no está rindiendo al 100%, de los primeros sitios de los que se retira la alimentación en la placa es precisamente de los puertos USB, y se protege siempre que se pueda al "sistema principal": Memoria, Micro y HDD. Los puertos USB llevan tensión, de ahí a que podamos cargar muchos aparatos desde ellos o podamos conectar algunos periféricos sin necesidad de conectarlos al enchufe. Toda esa energía no sale gratis. Creeme que no es nada anormal ver como los USB se deshabilitan por insuficiencia de la fuente de alimentacio.
siguiendo con lo mismo, es posible que la tensión que le llega a los puertos USB sea mínima como para "activar" el ipod o el dispositivo conectado. Si le sumas a ello que además pueden ser USB 1.1 las posibilidades se disparan. De ahí la lógica a que lo detectase tiempo después. A lo mejor cuando el procesador está trabajando menos (por tanto consume menos) o los lectores están parados, disipadores... etc.