Apostaría que es un problema de controladores ;). Eso de limpito es muy relativo. Por ejemplo te pongo algo clásico: Los portátiles de hyo en día. Uno va a la tienda, se compra un ACER, un Toshiba... el que sea me da igual, se lo lleva a casa puesto y listo. Ese PC está de todo menos limpio. Si se sacasen los procesos de ese PC al menos aparecerían 80!! si a eso le sumas controladores desfasados, mala configuración de algunos de esos controladores... pues el resultado no es que sea muy impredecible.
Lo 1º es limpiar de verdad un PC. Por ejemplo. Un XP SP3 con 30-40 procesos ya va sobrado, un vista con 40 es lo ideal, si tienes AV o firewall ponle como mucho 50. Cualquier proceso ademas de consumir ram puede interferir con otros procesos. Y acabado los procesos los servicios también.
Lo 2º es tener SIEMPRE actualizados todos los controladores: HDD, sobre todo si es SATA. Tarjeta de Video, sea integrada o no. Controladores de sonido. Controladores del chipset. Ellos son los más importantes. Y a partir de ahí el resto: lectores de tarjeta, modem, bt, camara...
Lo 3º es saber usar las herramientas de diagnóstico. Por ejemplo en Windows tenemos el visor de eventos. Si algo va mal casi seguro que quedará reflejado en él, posiblemente en los apartados Sistema o Aplicacion.
Lo 4º sería configurar correctamente cada dispositivo. Puedes q tengas los controladores de audio más avanzados, pero es posible que por una mala configuración del adaptador de sonido este no se oiga, o se oiga mal. Lo mismo para los HDD, Video...
Y podría seguir poniendo puntos.
Cuando me refiero siempre a una mala configuración me refiero a cualquiera de esos puntos u otros. Mala configuración de tu PC. A veces puede ser un virus, a veces un controlador que da conflictos o incluso una aplicación que está de fondo que interfiere...