No es tan simple. El ipod tiene dos particiones, la de datos y la del OS. Con el JB tanto la una como la otra guardan datos. Si actualizas la parte del OS la pierde pero no la de datos. Si restauras pierdes las dos. El problema es que no puedes usar una parte sin la otra.
Para hacer lo que planteas, sería necesario realizar un Dump de todo la memoria del iPod, es decir, al final te quedaría una imagen de 8, 16 o 32Gb al final. Esta imagen además se debería de meter de forma excepcional, cosa que por los métodos tradicionales no es posible. ¿Hacer un seleccionar todo copiar pegar? Muchos archivos no se copiarían y basta que un archivo que se modificó para adaptarse a tu sistema no esté presente, para que tu ipod no funcione correctamente.
Piensa que no es tan facil como decir: Copio las aplicaciones y listo. Y las configuraciones de esas aplicaciones? y los archivos de configuración del Board con esas aplicaciones? y los demonios? y... lo mejor pasa por realizar pequeñas copias de seguridad de datos importantes, tales como agenda, calendario, notas... que son pocos archivos.
De todos modos en futuras actualizaciones de Winpwn se espera que aparezca un sistema similar de copia completa de firmware. Supongo que se basará en hacer un Dump completo y de él recomponer una firmware.