El problema está entonces en que debes tener mal instalados los drivers de tus puertos usb. Prueba un lapiz usb o algo así para comprobar si es eso. También puedes ir al administrador de dispositivos y ver si tienes algo con una señal de "atención" que esté relacionado con los puertos usb.
Al formatear perdiste estos controladores y posiblemente no se te hayan instalado.
Prueba y nos comentas.