¡¡¡Alabado sea Theliel!!!
He seguido tus consejos y he instalado de nuevo Haali sin AVI. Ya no da problemas aunque Megui vea lento como una tortuga, no sé si tendrá que ver. He probado las dos soluciones que te comenté y si lo haga con el archivo .vob a través de DirectShowSource sigue habiendo asincronía, pero con el script modificado de d2v los subtítulos quedan perfectos, al menos eso parece con la preview. Afortunadamente, a la hora de convertir, Megui va a su velocidad normal porque tenía miediiiiiito...
¡Muchas gracias por tu ayuda!