yo tengo el mismo problema. La lista de las 25 mas escuchadas es de una manera en itunes y tengo otra totalmente diferente en el iphone 3GS por mas que lo sincronizo. Las canciones que me salen en el iphone ademas esque casi no las escucho y no entiendo porque salen ahi.
Dato curioso... si varias el numero de items de 25 a 10 o a 5 o a 100, en el iphone aparecen ese mismo numero de canciones pero no son las mismas de la lista de itunes, con lo cual dudo que, como se comenta arriba haya una lista para ipod y otra para itunes, ademas que no tiene sentido.
Debe ser un error de los dispositivos y no se como solucionarlo ni he leido nada. Voy a intentar borrar el numero de veces reproducidas de todas y empezar la biblioteca otra vez a ver si se soluciona.