Saludos! Lo cierto es que yo me he comido mucho la cabeza porque desde que instalé el susodicho sistema 4.0, me viene pasando exactamente lo mismo. Según parece, todo viene a raíz de una de las características que se implementan con este sistema:
Wi-Fi:
El iPod touch puede mantenerse conectado a la red Wi-Fi cuando está en reposo para que sigas recibiendo llamadas VoIP y notificaciones de aplicaciones de terceros compatibles. Extraido de la página oficial de Apple España
Anteriormente, el WiFi se activába únicamente cuando solicitabas acceso a internet, ya sea mediante Safari, o alguna aplicación. Ahora, incluso en StandBy, el WiFi permanece activado y a pleno rendimiento, consumiendo de esta manera nuestras indefensas baterías en apenas 8 horas (menos aún si se están haciendo otras cosas).
¿Solución? Simplemente desactivar WiFi desde el panel de control. Yo lo probé y efectivamente, la batería vuelve a durarme días sin moverse un ápice. Es un poco tedioso, ya que ahora tienes que estar activando y desactivando el WiFi cada vez que quieras conectarte, pero mejor eso que no quedarte sin batería en una noche, y sin hacer nada.
Espero que esto solucione medianamente tu problema, y espero que desde Apple, rectifiquen y añadan una opción para elegir si queremos tener WiFi conectado permanentemente o sólo en tareas concretas.