Desaparecen los subtítulos al convertir

Muy buenas, en primer lugar pido disculpas por si este no es el lugar adecuado para postear este tema. En segundo lugar decir que quizás ya haya algún post similar a este, he mirado unos cuantos, pero las posibles soluciones que he visto (cambiar de programa o de formato) no me han servido, así es que recurro a vosotros personalmente.
Pues el problema es este: al convertir un vídeo en formato mkv al Ipod Touch los subtítulos se pierden. Aunque lo curioso es que una parte de los subtítulos permanece, los que traducen el opening (la introducción) de dicho vídeo se ven perfectamente, pero el resto no aparecen. ¿Podría ser que los subtítulos del opening sean integrados y el resto flotantes? En cualquier caso agradecería vuestra ayuda, he probado ya con el conversor Videora (el que habitualmente utilizo) y el Koyote, pero dan el mismo problema.
Gracias de antemano y un saludo.