Ten encuenta que eso de los 64Bits es algo muy relativo, y depende enormemente de a que te refieras, al igual que las aplicaciones de 64Bits.
Si no recuerdo mal el ARM116 no es un procesador de 64bits. Luego en teoría no tendría registros ni instrucciones de 64Bits. Pero eso es una cosa y otra es poder hacer un emulador para ello. Recuerda que los emuladores para PC de N64 no es necesario ni mucho menos un micro de 64bits para poder usarlo.
Si la pregunta es si llegaremos a ver un emu de N64... me da la sensación de que sería posible, pero iría quizás demasiado lento. Todo dependería a mi juicio de lo bueno que fuese el intérprete y cuanto se pudiese delegar en otros componentes hardware del ipod.
Si la pregunta es si tendremos aplicaciones de 64bits, la respuesta es no.