Buenas patxiku,
¿Seguro que tu ipod es de 2ª generación y no de 3ª generación? ¿Utilizaste el blackrain para hacer el jailbreak? ¿Cuando miras en Ajustes -> General -> Modelo empieza por "MB" o por "MC"? Si fuera eso, y fuera de 3ª generación bastaría con que, al conectarlo al ordenador, ejecutaras el blackrain de nuevo... eso tendrías que hacerlo siempre que apagases y encendieses el ipod...
No sé ayudarte a instalar la versión 3.1.3 de firmware, yo no fui capaz de instalar una versión de firmware diferente a la oficial en ese momento, así que no se me ocurre otra alternativa para que hagas el jailbreak... porque para utilizar el spirit que no tiene ese problema necesitas el firmware 3.1.3 y para utilizar el jailbreakme.com necesitas la versión 4.0 pero actualmente sacaron la 4.0.2 a la que no se puede hacer jailbreak... eso sí, creo que van a sacar esta semana la versión 4.1 del firmware y que de esa sí que va a salir un jailbreak pronto (lo consiguieron hacer con la versión beta, por lo que leí).