pues cientos. Cualquier herramienta unix prácticamente. Entra pro winsscp si quieres y vete a la carpeta bin. Todos los archivos q no tienen extensión son herramientas.
puedes mirar quizás en la wiki o en manuales de unix.
lo que puse son comandos básicos (he incluido find, que no estaba). Pero puedes instalar lo q quieras, no se. por ejemplo, mañana o pasado si tengo tiempo pondré un video o un manual (segun tenga ganas) mas sobre seguridad y lo util que puede ser un ipod touch para realizar auditoriás de seguridad con metasploit, o como obtener reverse shell con netcat ipod - ipod windows -ipod ipod -windows y cosillas así. Todo ello evidentemente pues linea de comandos, se usará wget, nc, nmap, scp a lo mejor, ftp... no se, como te digo la cuenta podría ser ilimitada. hay comandos más usados y otros menos. Pero creo que los básicos están todos. En todo caso faltarían algunos de administración de grupos o usuarios pero bueno, para ser un tuto cortito está bien.