Existen dos formas para eso (pero creo que no es necesario cuando te formatena el ordenador, formatear el ipod... me imagino que no):
Usando un progama para pasar datos del ipod a la pc... usa el buscador, ese tema es muy hablado aqui.
O manualmente desde la carpeta de musica del iPod, aunque las carpetas estan codificadas, cuando las pasas a iTunes se ponen igual que como estaban. Solo entra en "opciones de carpetas" (En herramientas), le das a la pestaña que dice ver, luego en las opciones que aparecen, marca "Mostrar todos los archivos y carpetas ocultas", luego entra en el ipod (Mi Pc), y hay una carpeta que dice iPod_control, entras ahi (no se si los nombres cambian por el modelo del ipod) entras en todas hasta que te salga una que tenga carpetas que digan algo haci F00 y ahi esta toda tu musica (no en la carpeta F00, si no en todas las F [F01,F02...])
Espero aver resuelto tu problema