Hola hola!!
En iTunes, hay una opcion de ver duplicadas: EDICION--> Mostrar canciones duplicadas.
Claro, no creas que es vidente, sino que te mostrara las canciones que se llamen igual. De ahi puedes eliminar las que quieras, sin miedo de que te las borre del disco.
Para volver a ver todas, tienes que ir de nuevo a esa opcion, que habra cambiado a VER TODAS.
En cuanto a lo de consolidar biblioteca, lo que te hace es mover los archivos de musica que esten en la biblioteca (que pueden estar repartidos por todas las carpetas que imagines), a la carpeta de Itunes donde se encargara de organizarlos como a él le parece mejor... Para gustos los colores, pero yo no me arriesgaria.
Si tienes una recopilacion de varios artistas, la separa y crea una carpeta para cada artista con una cancion en su interior