Todavía no me he enterado bien de lo que quieres hacer
A ver, ¿para qué quieres copiar al iTunes o al iPod los archivos .m3u?
Los archivos .m3u son listas de canciones para Winamp y otros programas de música. iTunes e iPod funcionan con otro tipos de listas gestionadas por el propio programa. Cuando tú insertas una carpeta de un disco a iTunes, si esa carpeta contiene imágenes o archivos .m3u iTunes no te los va a copiar.
Si quieres crear una lista debes hacerlo desde iTunes