Vamos a ver, dos cosas:
El primer problema que dices de carátulas que no se pueden modificar o parámetros de los tag y que solo es posible al convertirlos a AAC no es cierto. Lo que pasa es que casi con toda seguridad el archivo descargado estará protegido contra escritura. Nada mas facil que: Boton derecho en la carpeta problemática, propiedades. Y desactivar solo lectura.
Por otro lado el convertirlo a AAC es todo ventajas. No es verdad que se te come el HDD, se te come evidentemente si no eliminas los originales. Es más, AAC es más nuevo, más rapido, comprime mejor y tiene mayor calidad, y a día de hoy casi casi cualquier productor es compatible con el, a menos claro que te vayas a productos de MS, que al defender MS tan solo lo suyo: WMA, no apoya los demas estandares. Recordar que MS dio soporte a mp3 y de casualidad. AAC es un codec de compresión de audio, y normalmente se usa en el contenedor mp4. Un mp4 así es desde un video, a tan solo una canción. Por eso apple para evitar confusión le pone m4a, pero m4a es exactamente igual q un mp4.
Ventajas:
A igual calidad, un aac ocupará sensimplemente menos, hablamos de un 20-40% menos del tamaño del mp3.
Lo que es lo mismo, a igual tamaño, un archivo AAC puede tener bastante mas calidad. Un mp3 a 192 o más puede equivaler a un AAC a 128, calidad muy buena. Un aac a 96 se puede escuchar perfectamente, mientras q un mp3 a 128 puede empezar a notarse en los bajos y los agudos. un AAC a 192 puede dar una calidad casi perfecta, mientras necesitarías un mp3 al menos a 260 o 320.
AAC es un estandar, al igual que en su día el viejo MP3. Pero está dentro del estandar mpeg4, lo cual cumple con toda la normativa mpeg4: pistas dobles, subtítulos, contenedores... mp3 es su propio contenedor, es imposible realizar pistas multiples etc.
Los decodificadores AAC son ya incluso más rapidos, más eficientes.
AAC es multicanal. Es decir, podemos convertir una pista AC3 (DD) de 6 canales a un AAC de 6 canales. Imposible e impensable con mp3.
AAC a día de hoy debería de ser compatible con el 90% del mercado, siendo practicamente tan solo incompatible en aquellos que sacan tajada de otros formatos: MS con su WMA.
Desventajas:
Pues que hay que invertir tiempo en convertir los mp3 a aac. Aunque si son copias de tus mismos CDs, pasarlos a AAC directamente es la mejor de las opciones y conservar toda la calidad.
Conclusión:
convierte toda tu música a AAC 128, una vez convertida elimina todos los mp3. Casi seguro podras escuchar esas mismas canciones en cualquier lado:
PC:
Winamp
iTunes
Zoom Player
QuickTime
Windows Media (no estoy seguro si del tirón los coge)
VLC
Móviles:
SE
LG
Nokia
Samsumg
...
E incluso tb, la mayoría ya de todos los reproductores portátiles
Aun así, si por un casual necesitaras reconvertirlo de vuelta a mp3 por algo raro, deberías de usar un conversor de audio. El mismo megui q pongo por ejemplo en el post de compresión de video, o nero wave editor que seguramente lo tendrás, el mismo Nero Burning Rom, Adobe Audition, Adobe Soundbooth...