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El Ultra iPod Movie Converter tengo entendido que hace uso del filtro VobSub para leer y pegar los subtítulos. Hace mucho que no utilizo el programa en cuestión, pero si no tiene alguna opción de modificar el tamaño de los mismos podrías intentarlo desde el filtro en si. Fijate cuando ves una película con subtítulos, al lado de la hora en la barra de tareas te sale un ícono que es una flecha verde (no confundirse con la de Quitar hardware con seguridad) Doble clic en el mismo, en la ventana que te sale donde dice Text setting hay abajo un botón que tiene el nombre de la fuente que está utilizando, presionalo. En la nueva ventana, arriba a la izquierda sale otro botón que tiene el nombre de la fuente, presiónalo y ahí te sale la ventana de diálogo común para cambiar el tipo de fuente (y tamaño )