A ver, una explicación más o menos simple... El archivo de cada canción, además de la canción en si, tiene un espacio reservado para guardar ciertos datos. Estos datos son los tags. Para qué sirven? Pues bien, allí se guarda el título de la canción, el interprete, a qué album pertenece, la carátula del mismo, el año, etc, etc, etc... Tanto el iPod como el iTunes utilizan esta información para poder organizar las canciones. De ahí que sea tan importante que la información de los tags esté lo más completa posible y de manera correcta.
En este punto es que entra en escena el MP3tag, Tag&Rename o cualquier editor de tags. Estos programas te permiten editar esta información de manera más simpe e intuitiva. Por ejemplo, seleccionas todos las canciones de un determinado album y puedes ponerle el título del album a todas por igual (al hacerlo de un solo paso te aseguras que todos tengan *exactamente* el mismo nombre y así evitar que luego en el iPod tengas, por ejemplo, un album llamado "U218 Singles" y otro "U2 18 Singles")